44 articoli, preprint e altri lavori, ognuno con un paragrafo che ne riassume il risultato principale.
2025
Aragão D, Savko M, Oram D, Smith K, Shepard W, Flaig R
Struct Dyn (ACA 2025 meeting abstract) (2025) · Altro
Abstract di convegno sulla pipeline di centratura automatica dei campioni sperimentata su I04: il modello di apprendimento automatico murko di SOLEIL per trovare il loop e il cristallo, Ophyd e Bluesky per comandare la linea, e Kubernetes e Docker perché si possa installare in altre strutture.
La mia parte: ho guidato il progetto e il suo finanziamento UKRI/BBSRC, e l’ho presentato al convegno dell’ACA a Chicago.
Flaig R, Romano P, Aragão D
J Phys Conf Ser (2025) · Metodi / strumentazione · citato una volta
Come la raccolta dati consapevole della dose su I04 aiuta gli utenti a scegliere le impostazioni di esposizione che bilanciano il segnale con il danno da radiazione, cosa che conta soprattutto su una linea dove le dimensioni del fascio si cambiano di continuo, fino al microfocus.
Flaig R, Romano P, Aragão D
Struct Dyn (2025) · Altro
Abstract di convegno che descrive l’ottica a fuoco variabile di I04 (dal microfocus di 8 × 5 μm fino a 110 × 100 μm), l’aggiornamento della sorgente del 2022 che ha aumentato il flusso su tutto l’intervallo 6–18 keV, e le modalità di raccolta dati consapevole della dose e senza operatore ora offerte agli utenti.
2022
Munasinghe TS, Edwards MR, Tsimbalyuk S, Vogel OA, Smith KM, …, Aragão D, …, Forwood JK
Nat Commun (2022) · PubMed · citato 29 volte
ORF4b di MERS-CoV si lega all’importina α con un meccanismo insolito, senza la solita lisina nel sito P2, e si sovrappone al sito di legame di NF-κB p50: una spiegazione strutturale di come il virus blocca l’immunità innata.
7RFX7RFY7RFZ7RG07RG17RG27RG37RG47RG57RG6
Teakel S, Marama M, Aragão D, Tsimbalyuk S, Mackie ERR, Soares da Costa TP, Forwood JK, Cahill MA
FEBS Lett (2022) · PubMed · citato 2 volte
Un dominio di citocromo b5M di un archeo mostra lo stesso insolito orientamento dell’eme di una precedente struttura di cytb5M, a sostegno dell’idea che la famiglia di proteine MAPR dei mammiferi l’abbia ereditato da un antenato procariote.
6NZX6VZ6
2021
Cross EM, Adams FG, Waters JK, Aragão D, Eijkelkamp BA, Forwood JK
Sci Rep (2021) · PubMed · citato 25 volte
Il confronto degli omologhi di FabG annotati in Acinetobacter baumannii ha individuato una 3-ossoacil-ACP reduttasi a basso peso molecolare come la più probabile vera FabG della sua via di sintesi degli acidi grassi, un potenziale bersaglio per gli antibiotici.
6NRP
Tamarit D, Teakel S, Marama M, Aragão D, Gerdes SY, Forwood JK, Ettema TJG, Cahill MA
bioRxiv (preprint) (2021) · Altro · citato 7 volte
La famiglia di proteine MAPR, che comprende la proteina umana associata al recettore del progesterone PGRMC1, risulta imparentata con una classe, riconosciuta da poco, di citocromi b5 batterici. La prima struttura di questa classe (6NZX) condivide il ripiegamento di tipo MAPR e l’orientamento dell’eme, a sostegno di un’origine batterica della famiglia.
6NZX
Jagga B, Edwards M, Pagin M, Wagstaff KM, Aragão D, …, Forwood JK
Nat Commun (2021) · PubMed · citato 40 volte
I due segnali di localizzazione nucleare distanti di SOX2 formano un’unica interfaccia continua che copre nove delle dieci ripetizioni ARM dell’importina α3. Questo spiega la preferenza di SOX2 per l’importina α3 e la sua importanza per le cellule staminali neurali e lo sviluppo del moscerino.
6WX76WX86WX9
2019
Maghool S, Cooray NDG, Stroud DA, Aragão D, Ryan MT, Maher MJ
Life Sci Alliance (2019) · PubMed · citato 25 volte
Le strutture del fattore di assemblaggio del complesso IV umano Coa6 e del suo mutante patogeno W59C mostrano un fascio di eliche tenuto insieme da ponti disolfuro con un probabile sito per il rame, e spiegano la perdita di funzione del mutante con un’oligomerizzazione legata ai ponti disolfuro.
Cross EM, Aragão D, Smith KM, Shaw KI, Nanson JD, Raidal SR, Forwood JK
Biochem Biophys Res Commun (2019) · PubMed · citato 8 volte
Un presunto enzima FabG di Acinetobacter baumannii multiresistente ha un ripiegamento simile a FabG (2,0 Å) ma è inattivo sul substrato di FabG, quindi non è l’enzima della sintesi degli acidi grassi che l’annotazione faceva supporre.
6PZM6PZN
Petri J, Nakatani Y, Montgomery MG, Ferguson SA, Aragão D, …, Cook GM
Open Biol (2019) · PubMed · citato 6 volte
La F1-ATPasi del patogeno anaerobico Fusobacterium nucleatum è parzialmente inibita nell’idrolisi dell’ATP, e la sua struttura fa pensare che, come nei mitocondri, l’attività sia regolata dalla concentrazione di ADP.
6Q45
Sikanyika M, Aragão D, McDevitt CA, Maher MJ
Acta Crystallogr F Struct Biol Commun (2019) · PubMed · citato 14 volte
Struttura e cinetica della glutatione reduttasi di Streptococcus pneumoniae (2,56 Å). L’interfaccia del dimero ha permesso di raggruppare questi enzimi in tre classi, e l’enzima ha una Km insolitamente alta per il glutatione ossidato.
2018
Aragão D, Aishima J, Cherukuvada H, Clarken R, Clift M, …, Caradoc-Davies TT
J Synchrotron Radiat (2018) · Metodi / strumentazione · PubMed · citato 554 volte
MX2, la linea microfocus ad alto flusso su ondulatore dell’Australian Synchrotron: il progetto, la gestione robotizzata dei campioni, lo stato attuale, i piani futuri e i risultati scientifici recenti.
La mia parte: ho scritto l’articolo e ho partecipato alla maggior parte degli aggiornamenti che descrive.
Smith KM, Tsimbalyuk S, Edwards MR, Cross EM, Batra J, …, Aragão D, …, Forwood JK
Nat Commun (2018) · PubMed · citato 75 volte
Le proteine W dei virus Hendra e Nipah si legano all’importina α3 con un’interfaccia più ampia e un’affinità oltre 50 volte più alta che con l’importina α1. Importine chimeriche mostrano che la differenza sta nel posizionamento delle ripetizioni armadillo 7 e 8.
La mia parte: raccolta dati, e co-supervisione dei dottorandi nella raccolta dati, nella determinazione della struttura, nel raffinamento e nell’analisi.
Nei media: Charles Sturt University.
6BVT6BVV6BVZ6BW06BW16BW96BWA6BWB
Petri J, Shimaki Y, Jiao W, Bridges HR, Russell ER, …, Aragão D, …, Nakatani Y
Biochim Biophys Acta Bioenerg (2018) · PubMed · citato 48 volte
La NDH-2 legata all’inibitore chinolonico HQNO mostra come gli inibitori si sistemano nel tunnel di legame del chinone, una base per progettare farmaci contro patogeni come Mycobacterium tuberculosis e Plasmodium falciparum.
6BDO
2017
Nakatani Y, Jiao W, Aragão D, Shimaki Y, Petri J, Parker EJ, Cook GM
Acta Crystallogr F Struct Biol Commun (2017) · PubMed · citato 15 volte
Una nuova piattaforma di cristallizzazione ha dato una struttura a 2,15 Å della NADH:chinone ossidoreduttasi di tipo II (NDH-2) batterica, un bersaglio per i farmaci, poi usata per modellare il legame dei substrati chinonici.
La mia parte: aiuto a superare i problemi di cristallizzazione, poi raccolta ed elaborazione dei dati, risoluzione della struttura, raffinamento e analisi.
5WED
Swarbrick CM, Bythrow GV, Aragão D, Germain GA, Quadri LE, Forwood JK
Biochemistry (2017) · PubMed · citato 7 volte
I micobatteri hanno una classe inattiva di tioesterasi TesB. L’enzima di Mycobacterium avium ha un’alanina dove dovrebbe esserci l’aspartato catalitico, e ripristinare l’aspartato ripristina l’attività, un cambiamento conservato in tutti i micobatteri ma non visto in altri organismi.
La mia parte: raccolta ed elaborazione dei dati, risoluzione della struttura, raffinamento e confronto strutturale degli enzimi.
Khandokar YB, Srivastava P, Cowieson N, Sarker S, Aragão D, …, Forwood JK
J Biol Chem (2017) · PubMed · citato 13 volte
Una tioesterasi TE6 di Neisseria meningitidis forma un esamero con sei molecole di GDP legate, rivelando un modo basato sui nucleotidi di regolare questa famiglia di enzimi.
La mia parte: raccolta ed elaborazione dei dati, risoluzione della struttura, raffinamento e analisi.
Blaza JN, Bridges HR, Aragão D, Dunn EA, Heikal A, Cook GM, Nakatani Y, Hirst J
Sci Rep (2017) · PubMed · citato 80 volte
Cinetica, mutagenesi e strutture mostrano che la NDH-2 gestisce i suoi due substrati in modo indipendente in siti separati, così la reazione può seguire un meccanismo ping-pong o ternario. Questo concilia dati precedenti contrastanti su questo bersaglio antimicrobico.
La mia parte: raccolta dati da decine di cristalli con un fascio microfocus per scegliere i settori migliori da unire, poi elaborazione, risoluzione della struttura, raffinamento e discussione del meccanismo.
5KMP5KMQ5KMR5KMS
2016
Khandokar YB, Srivastava P, Sarker S, Swarbrick CMD, Aragão D, Cowieson N, Forwood JK
J Biol Chem (2016) · PubMed · citato 8 volte
La tioesterasi PaaI di Streptococcus pneumoniae è un tetramero di doppi domini «hotdog» che può idrolizzare sia il fenilacetil-CoA sia gli acil-CoA di acidi grassi a catena media, e lega il CoA con un meccanismo di adattamento indotto.
La mia parte: raccolta ed elaborazione dei dati, risoluzione della struttura, raffinamento, e aiuto nel proporre il meccanismo.
Chaston JJ, Smits C, Aragão D, Wong AS, Ahsan B, …, Stewart AG
Structure (2016) · PubMed · citato 33 volte
Gli archei Sulfolobales combinano tre subunità di chaperonina in complessi diversi per le condizioni di freddo, normali e di stress da calore. Cristallografia e microscopia elettronica ne mostrano la geometria, compresa una nuova disposizione delle subunità.
La mia parte: contributi al disegno sperimentale, raccolta ed elaborazione dei dati, risoluzione della struttura, raffinamento e analisi.
Sarker S, Terrón MC, Khandokar Y, Aragão D, Hardy JM, …, Forwood JK
Nat Commun (2016) · PubMed · citato 79 volte
Le strutture della proteina del capside del virus della malattia del becco e delle penne, uno dei virus animali più semplici, mostrano come il DNA a singolo filamento ne regola l’assemblaggio e come gli assemblaggi cambiano l’esposizione del suo braccio che lega il DNA e lo indirizza al nucleo.
La mia parte: raccolta dati con un fascio microfocus e oscillazioni molto sottili (fine slicing) per gestire le celle elementari molto grandi, elaborazione, risoluzione della struttura e raffinamento, e idee per gli esperimenti di caricamento del DNA.
Nei media: Cosmos (con la mia immagine del capside), ANSTO, Charles Sturt University, Australian Geographic e SBS News.
5J095J365J37
2015
Cowieson NP, Aragão D, Clift M, Ericsson DJ, Gee C, …, Caradoc-Davies T
J Synchrotron Radiat (2015) · Metodi / strumentazione · PubMed · citato 469 volte
Il progetto, la stazione sperimentale e i risultati scientifici principali di MX1, la linea di cristallografia su magnete curvante dell’Australian Synchrotron che serve sia i cristallografi chimici sia quelli macromolecolari.
La mia parte: ho scritto l’articolo insieme a Nathan Cowieson e ho preso parte alla maggior parte degli aggiornamenti che descrive.
Li D, Stansfeld PJ, Sansom MSP, Keogh A, Vogeley L, …, Aragão D, …, Caffrey M
Nat Commun (2015) · PubMed · citato 43 volte
La diacilglicerolo chinasi catturata sia con il suo substrato lipidico sia con un analogo dell’ATP, con il fosfato in posizione per il trasferimento. Ne sono derivati una proposta di meccanismo catalitico e indizi che il sito attivo sia comparso per evoluzione convergente.
La mia parte: ho suggerito di usare un analogo non idrolizzabile dell’ATP per bloccare l’enzima a metà reazione, e dei metalli per aiutare il ligando a legarsi; ho lavorato all’analisi e al raffinamento di diverse strutture e al manoscritto.
Nei media: Phys.org e Trinity College Dublin.
4UXW
2013
Li D, Lyons JA, Pye VE, Vogeley L, Aragão D, …, Caffrey M
Nature (2013) · PubMed · citato 95 volte
Le strutture cristallografiche di tre forme funzionali della diacilglicerolo chinasi, un enzima di membrana di 121 residui studiato da mezzo secolo, mostrano un trimero con siti attivi condivisi e contraddicono lo scambio di domini proposto da un precedente modello NMR.
La mia parte: cristallografo principale, dalla raccolta e l’elaborazione dei dati alla risoluzione della struttura per phasing sperimentale, al raffinamento e all’analisi del meccanismo.
Nei media: GM/CA all’Advanced Photon Source.
3ZE33ZE43ZE5
2012
Li D, Boland C, Aragão D, Walsh K, Caffrey M
J Vis Exp (2012) · Metodi / strumentazione · PubMed · citato 44 volte
Un protocollo video per pescare e crioraffreddare i cristalli piccoli e fragili che crescono nelle appiccicose mesofasi lipidiche, uno dei colli di bottiglia pratici del metodo in meso per le proteine di membrana.
Lyons JA, Aragão D, Slattery O, Pisliakov AV, Soulimane T, Caffrey M
Nature (2012) · PubMed · citato 126 volte
La struttura a 2,36 Å dell’ossidasi caa3 di Thermus thermophilus, che porta un suo dominio di citocromo c, mostra com’è fatto il complesso di trasferimento elettronico tra il citocromo c e l’ossidasi, e ha rivelato una nuova subunità di membrana e un lipide nativo legato.
Nei media: Phys.org e Silicon Republic.
2YEV
2011
Stepanov S, Hilgart M, Yoder DW, Makarov O, Becker M, …, Aragão D, …, Fischetti RF
J Appl Crystallogr (2011) · Metodi / strumentazione · PubMed · citato 17 volte
Nuovi strumenti di fluorescenza a raggi X sulle linee GM/CA dell’Advanced Photon Source: scansioni in energia rapide e al volo, rastering in fluorescenza per trovare cristalli piccoli o invisibili, e ottimizzazione automatica del segnale per ridurre il danno da radiazione.
Höfer N, Aragão D, Lyons JA, Caffrey M
Cryst Growth Des (2011) · PubMed · citato 33 volte
Studia come la scelta del lipide ospite nella mesofase lipidica influisca sulla cristallizzazione e sulla struttura dell’antibiotico gramicidina, che forma pori, e se l’ambiente di membrana possa favorire una delle sue conformazioni.
2Y5M2Y6N
Pye VE, Aragão D, Lyons JA, Caffrey M
Cryst Growth Des (2011) · Altro · citato 3 volte
Una panoramica della 13ª International Conference on the Crystallization of Biological Macromolecules (ICCBM13), che introduce il numero speciale con i lavori presentati al convegno.
Rosenbaum DM, Zhang C, Lyons JA, Holl R, Aragão D, …, Kobilka BK
Nature (2011) · PubMed · citato 784 volte
Un agonista progettato per legarsi covalentemente al recettore β2-adrenergico ha permesso di cristallizzare un recettore legato all’agonista nella fase cubica lipidica, mostrando come gli agonisti si legano e cominciano ad attivare questo recettore accoppiato a proteine G.
Nei media: FCT NOVA e ITQB NOVA (2012). La lezione Nobel di Brian Kobilka (in inglese).
3PDS
Höfer N, Aragão D, Caffrey M
Biophys J (meeting abstract) (2011) · Altro · citato 2 volte
Abstract di convegno sull’uso della fase cubica lipidica come imitazione della membrana cellulare, dal lavoro di cristallizzazione in meso sui peptidi transmembrana.
2008
Frazão C, Aragão D, Coelho R, Leal SS, Gomes CM, Teixeira M, Carrondo MA
FEBS Lett (2008) · PubMed · citato 11 volte
Una struttura a 2,0 Å della ferredossina nativa dell’archeo Acidianus ambivalens, con il sito dello zinco ed entrambi i cluster ferro-zolfo ([3Fe-4S] e [4Fe-4S]) intatti, a differenza della struttura precedente, convertita artificialmente, di una specie affine.
La mia parte: ho fatto crescere i cristalli all’ITQB intorno al 2000, molto prima dell’articolo.
2VKR
Aragão D, Mitchell EP, Frazão CF, Carrondo MA, Lindley PF
Acta Crystallogr D Biol Crystallogr (2008) · PubMed · citato 30 volte
La proteina a cluster ibrido di D. vulgaris, purificata e cristallizzata senza ossigeno e risolta per MAD alla soglia del ferro (1,35 Å). La sua somiglianza con le monossido di carbonio deidrogenasi aiuta a spiegare il cluster ibrido e prevede una struttura dimerica per le proteine di classe 3.
Questo articolo era in copertina sul numero di giugno 2008 di Acta Crystallographica D.
1W9M
2007
Tesi di dottorato
Structure to function studies in hybrid cluster proteins and glucose-1-phosphate uridylyltransferases
PhD thesis in Biochemistry, Instituto de Tecnologia Química e Biológica (ITQB), Universidade Nova de Lisboa, with the ESRF, Grenoble. Supervisors: Carlos Frazão (ITQB) and Edward Mitchell (ESRF). Final exam 9 October 2007. ISBN 978-989-20-0807-3. Funded by FCT scholarship SFRH/BD/6480/2001
Strutture cristallografiche di due famiglie di proteine molto diverse. Le proteine a cluster ibrido di Desulfovibrio portano un insolito cluster di ferro, zolfo e ossigeno, e le strutture aiutano a spiegare come si forma e cosa potrebbe fare. La glucosio-1-fosfato uridililtransferasi (UgpG) di Sphingomonas elodea produce un mattone zuccherino per la gomma gellano. Il lavoro si è diviso tra l’ITQB NOVA, a Oeiras, e l’ESRF, a Grenoble. (Elenco delle tesi di dottorato dell’ITQB, copia d’archivio)
Tesi (PDF, 7 MB)
Aragão D, Fialho AM, Marques AR, Mitchell EP, Sá-Correia I, Frazão C
J Bacteriol (2007) · PubMed · citato 33 volte
La struttura della UgpG di S. elodea, un enzima chiave nella produzione dell’addensante alimentare gomma gellano, rivela una struttura quaternaria mai vista prima nella sua famiglia di enzimi, anche se ogni subunità somiglia molto alle timidililtransferasi affini.
2UX8
2003
Aragão D, Macedo S, Mitchell EP, Romão CV, Liu MY, …, Lindley P
J Biol Inorg Chem (2003) · PubMed · citato 47 volte
Strutture ad alta risoluzione della proteina a cluster ibrido di due specie di Desulfovibrio, risolte dopo la riduzione (1,25 e 1,55 Å). Il ripiegamento della proteina non cambia, ma gli atomi di ferro e di zolfo dell’insolito cluster ibrido si spostano, dando indizi su come funzionano queste proteine.
Una figura di questo articolo è stata scelta per la copertina del 2003 del Journal of Biological Inorganic Chemistry.
1OA01OA1
Aragão D, Frazão C, Sieker L, Sheldrick GM, LeGall J, Carrondo MA
Acta Crystallogr D Biol Crystallogr (2003) · PubMed · citato 25 volte
Il citocromo c3 dimerico di Desulfovibrio gigas, raffinato a 1,2 Å. Il confronto con tutti i domini di citocromo c3 noti ha rivelato regioni conservate nonostante sequenze molto diverse, e una molecola d’acqua sepolta che probabilmente trasporta elettroni tra due degli emi.
1GYO
Macedo S, Aragão D, Mitchell EP, Lindley P
Acta Crystallogr D Biol Crystallogr (2003) · PubMed · citato 13 volte
Conoscere le forme completamente ossidata e completamente ridotta ha permesso di risolvere una struttura a 1,25 Å della proteina a cluster ibrido con molecole in entrambi gli stati, chiarendo come si spostano con la riduzione gli atomi di ferro e di persolfuro del cluster.
1UPX
1999
Fonseca A, Gouveia C, Fernandes JP, Câmara AS, Pinheiro A, Aragão D, Silva JP, Sousa MI
In: Câmara AS, Raper J (eds), Spatial Multimedia and Virtual Reality, pp. 71–88. Taylor & Francis, London (1999; reissued by CRC Press, 2021) (1999) · Altro
Un capitolo di libro sul CD-ROM multimediale che il GASA, il gruppo di sistemi ambientali della FCT NOVA, realizzò per l’Expo 98 di Lisbona, per permettere di esplorare le informazioni ambientali sul Portogallo. La mia parte, da studente universitario, è stata inserire buona parte dei dati su cui si basava.
