44 articles, preprints et autres travaux, chacun avec un paragraphe qui résume le résultat principal.
2025
Aragão D, Savko M, Oram D, Smith K, Shepard W, Flaig R
Struct Dyn (ACA 2025 meeting abstract) (2025) · Autre
Résumé de congrès sur la chaîne de centrage automatique des échantillons prototypée sur I04 : le modèle d’apprentissage automatique murko de SOLEIL pour trouver la boucle et le cristal, Ophyd et Bluesky pour piloter la ligne, et Kubernetes et Docker pour pouvoir la déployer dans d’autres installations.
Ma part : j’ai dirigé le projet et son financement UKRI/BBSRC, et je l’ai présenté au congrès de l’ACA à Chicago.
Flaig R, Romano P, Aragão D
J Phys Conf Ser (2025) · Méthodes / instrumentation · cité une fois
Comment la collecte de données attentive à la dose sur I04 aide les utilisateurs à choisir des réglages d’exposition qui équilibrent le signal et les dommages d’irradiation, ce qui compte surtout sur une ligne où l’on change couramment la taille du faisceau, jusqu’au microfocus.
Flaig R, Romano P, Aragão D
Struct Dyn (2025) · Autre
Résumé de congrès décrivant l’optique à focalisation variable d’I04 (de 8 × 5 μm en microfocus jusqu’à 110 × 100 μm), la mise à niveau de la source en 2022 qui a augmenté le flux de 6 à 18 keV, et les modes de collecte attentive à la dose et sans surveillance désormais proposés aux utilisateurs.
2022
Munasinghe TS, Edwards MR, Tsimbalyuk S, Vogel OA, Smith KM, …, Aragão D, …, Forwood JK
Nat Commun (2022) · PubMed · cité 29 fois
ORF4b du MERS-CoV se lie à l’importine α par un mécanisme inhabituel, sans la lysine habituelle au site P2, et chevauche le site de liaison de NF-κB p50 : une explication structurale de la façon dont le virus bloque l’immunité innée.
7RFX7RFY7RFZ7RG07RG17RG27RG37RG47RG57RG6
Teakel S, Marama M, Aragão D, Tsimbalyuk S, Mackie ERR, Soares da Costa TP, Forwood JK, Cahill MA
FEBS Lett (2022) · PubMed · cité 2 fois
Un domaine cytochrome b5M d’archée montre la même orientation inhabituelle de l’hème qu’une structure cytb5M antérieure, ce qui conforte l’idée que la famille de protéines MAPR des mammifères l’a héritée d’un ancêtre procaryote.
6NZX6VZ6
2021
Cross EM, Adams FG, Waters JK, Aragão D, Eijkelkamp BA, Forwood JK
Sci Rep (2021) · PubMed · cité 25 fois
La comparaison des homologues annotés de FabG chez Acinetobacter baumannii a désigné une 3-oxoacyl-ACP réductase de faible masse moléculaire comme la vraie FabG la plus probable de sa voie de synthèse des acides gras, une cible possible pour des antibiotiques.
6NRP
Tamarit D, Teakel S, Marama M, Aragão D, Gerdes SY, Forwood JK, Ettema TJG, Cahill MA
bioRxiv (preprint) (2021) · Autre · cité 7 fois
La famille de protéines MAPR, qui comprend la protéine humaine PGRMC1 associée au récepteur de la progestérone, s’avère apparentée à une classe nouvellement reconnue de cytochromes b5 bactériens. La première structure de cette classe (6NZX) partage le repliement de type MAPR et l’orientation de l’hème, ce qui va dans le sens d’une origine bactérienne de la famille.
6NZX
Jagga B, Edwards M, Pagin M, Wagstaff KM, Aragão D, …, Forwood JK
Nat Commun (2021) · PubMed · cité 40 fois
Les deux signaux de localisation nucléaire éloignés de SOX2 forment une seule interface continue qui couvre neuf des dix répétitions ARM de l’importine α3. Cela explique la préférence de SOX2 pour l’importine α3 et son importance pour les cellules souches neurales et le développement de la mouche.
6WX76WX86WX9
2019
Maghool S, Cooray NDG, Stroud DA, Aragão D, Ryan MT, Maher MJ
Life Sci Alliance (2019) · PubMed · cité 25 fois
Les structures du facteur d’assemblage humain du complexe IV Coa6 et de son mutant W59C, responsable d’une maladie, montrent un faisceau d’hélices attaché par un pont disulfure, avec un site probable de fixation du cuivre, et expliquent la perte de fonction du mutant par une oligomérisation via des ponts disulfure.
Cross EM, Aragão D, Smith KM, Shaw KI, Nanson JD, Raidal SR, Forwood JK
Biochem Biophys Res Commun (2019) · PubMed · cité 8 fois
Une enzyme FabG supposée d’Acinetobacter baumannii multirésistant a un repliement de type FabG (2,0 Å) mais reste inactive sur le substrat de FabG : ce n’est donc pas l’enzyme de synthèse des acides gras qu’on lui attribuait.
6PZM6PZN
Petri J, Nakatani Y, Montgomery MG, Ferguson SA, Aragão D, …, Cook GM
Open Biol (2019) · PubMed · cité 6 fois
La F1-ATPase du pathogène anaérobie Fusobacterium nucleatum est en partie inhibée pour l’hydrolyse de l’ATP, et sa structure suggère que, comme dans les mitochondries, son activité est régulée par la concentration d’ADP.
6Q45
Sikanyika M, Aragão D, McDevitt CA, Maher MJ
Acta Crystallogr F Struct Biol Commun (2019) · PubMed · cité 14 fois
Structure et cinétique de la glutathion réductase de Streptococcus pneumoniae (2,56 Å). Son interface de dimère a permis de répartir ces enzymes en trois classes, et l’enzyme a un Km inhabituellement élevé pour le glutathion oxydé.
2018
Aragão D, Aishima J, Cherukuvada H, Clarken R, Clift M, …, Caradoc-Davies TT
J Synchrotron Radiat (2018) · Méthodes / instrumentation · PubMed · cité 554 fois
MX2, la ligne microfocus à onduleur et à haut flux de l’Australian Synchrotron : sa conception, la manipulation robotisée des échantillons, son état actuel, ses projets et la science récente.
Ma part : j’ai écrit l’article et participé à la plupart des améliorations qu’il décrit.
Smith KM, Tsimbalyuk S, Edwards MR, Cross EM, Batra J, …, Aragão D, …, Forwood JK
Nat Commun (2018) · PubMed · cité 75 fois
Les protéines W des virus Hendra et Nipah se lient à l’importine α3 par une interface plus grande et avec une affinité plus de 50 fois supérieure à celle pour l’importine α1. Des importines chimères montrent que la différence tient à la position des répétitions armadillo 7 et 8.
Ma part : collecte des données, et co-encadrement des doctorants pour la collecte, la détermination de la structure, l’affinement et l’analyse.
Dans les médias : Charles Sturt University.
6BVT6BVV6BVZ6BW06BW16BW96BWA6BWB
Petri J, Shimaki Y, Jiao W, Bridges HR, Russell ER, …, Aragão D, …, Nakatani Y
Biochim Biophys Acta Bioenerg (2018) · PubMed · cité 48 fois
La NDH-2 liée à l’inhibiteur quinolone HQNO montre comment les inhibiteurs se placent dans le tunnel de liaison de la quinone, une base pour concevoir des médicaments contre des pathogènes comme Mycobacterium tuberculosis et Plasmodium falciparum.
6BDO
2017
Nakatani Y, Jiao W, Aragão D, Shimaki Y, Petri J, Parker EJ, Cook GM
Acta Crystallogr F Struct Biol Commun (2017) · PubMed · cité 15 fois
Une nouvelle plateforme de cristallisation a donné une structure à 2,15 Å de la NADH:quinone oxydoréductase bactérienne de type II (NDH-2), une cible thérapeutique, qui a ensuite servi à modéliser la liaison des substrats quinones.
Ma part : aide pour venir à bout des problèmes de cristallisation, puis collecte et traitement des données, résolution de la structure, affinement et analyse.
5WED
Swarbrick CM, Bythrow GV, Aragão D, Germain GA, Quadri LE, Forwood JK
Biochemistry (2017) · PubMed · cité 7 fois
Les mycobactéries possèdent une classe inactive de thioestérase TesB. L’enzyme de Mycobacterium avium a une alanine là où devrait se trouver l’aspartate catalytique, et remettre l’aspartate rétablit l’activité ; ce changement est conservé chez les mycobactéries mais absent des autres organismes.
Ma part : collecte et traitement des données, résolution de la structure, affinement et comparaison structurale des enzymes.
Khandokar YB, Srivastava P, Cowieson N, Sarker S, Aragão D, …, Forwood JK
J Biol Chem (2017) · PubMed · cité 13 fois
Une thioestérase TE6 de Neisseria meningitidis forme un hexamère avec six molécules de GDP liées, ce qui révèle un mode de régulation par nucléotide pour cette famille d’enzymes.
Ma part : collecte et traitement des données, résolution de la structure, affinement et analyse.
Blaza JN, Bridges HR, Aragão D, Dunn EA, Heikal A, Cook GM, Nakatani Y, Hirst J
Sci Rep (2017) · PubMed · cité 80 fois
La cinétique, la mutagenèse et les structures montrent que la NDH-2 prend en charge ses deux substrats indépendamment, sur des sites séparés, si bien que la réaction peut suivre un mécanisme ping-pong ou ternaire. Cela réconcilie des données antérieures contradictoires sur cette cible antimicrobienne.
Ma part : collecte de données sur des dizaines de cristaux avec un faisceau microfocalisé pour choisir les meilleurs secteurs à fusionner, puis traitement, résolution de la structure, affinement et discussion du mécanisme.
5KMP5KMQ5KMR5KMS
2016
Khandokar YB, Srivastava P, Sarker S, Swarbrick CMD, Aragão D, Cowieson N, Forwood JK
J Biol Chem (2016) · PubMed · cité 8 fois
La thioestérase PaaI de Streptococcus pneumoniae est un tétramère de doubles domaines « hotdog » qui peut hydrolyser à la fois le phénylacétyl-CoA et des acyl-CoA à chaîne moyenne, et qui fixe le CoA par un mécanisme d’ajustement induit.
Ma part : collecte et traitement des données, résolution de la structure, affinement, et aide à proposer le mécanisme.
Chaston JJ, Smits C, Aragão D, Wong AS, Ahsan B, …, Stewart AG
Structure (2016) · PubMed · cité 33 fois
Les archées Sulfolobales combinent trois sous-unités de chaperonine en différents complexes pour le froid, les conditions normales et le stress thermique. La cristallographie et la microscopie électronique montrent leur géométrie, dont un nouvel arrangement des sous-unités.
Ma part : avis sur le plan expérimental, collecte et traitement des données, résolution de la structure, affinement et analyse.
Sarker S, Terrón MC, Khandokar Y, Aragão D, Hardy JM, …, Forwood JK
Nat Commun (2016) · PubMed · cité 79 fois
Les structures de la protéine de capside du virus de la maladie du bec et des plumes, l’un des virus animaux les plus simples, montrent comment l’ADN simple brin régule son assemblage et comment les assemblages exposent ou cachent son bras de liaison à l’ADN et d’adressage au noyau.
Ma part : collecte des données avec un faisceau microfocalisé et de très fines oscillations pour s’en sortir avec les mailles très grandes, traitement, résolution de la structure et affinement, et des idées pour les expériences de chargement d’ADN.
Dans les médias : Cosmos (avec mon image de la capside), ANSTO, Charles Sturt University, Australian Geographic et SBS News.
5J095J365J37
2015
Cowieson NP, Aragão D, Clift M, Ericsson DJ, Gee C, …, Caradoc-Davies T
J Synchrotron Radiat (2015) · Méthodes / instrumentation · PubMed · cité 469 fois
La conception, la station expérimentale et les points forts scientifiques de MX1, la ligne de cristallographie sur aimant de courbure de l’Australian Synchrotron, qui sert à la fois les cristallographes chimistes et macromoléculaires.
Ma part : j’ai coécrit l’article avec Nathan Cowieson et participé à la plupart des améliorations qu’il décrit.
Li D, Stansfeld PJ, Sansom MSP, Keogh A, Vogeley L, …, Aragão D, …, Caffrey M
Nat Commun (2015) · PubMed · cité 43 fois
La diacylglycérol kinase saisie avec à la fois son substrat lipidique et un analogue de l’ATP, le phosphate en position pour le transfert. Cela a mené à une proposition de mécanisme catalytique et à des indices que le site actif est apparu par évolution convergente.
Ma part : j’ai proposé d’utiliser un analogue non hydrolysable de l’ATP pour piéger l’enzyme au milieu de sa réaction, et des métaux pour aider le ligand à se fixer ; j’ai travaillé sur l’analyse et l’affinement de plusieurs des structures et sur le manuscrit.
Dans les médias : Phys.org et Trinity College Dublin.
4UXW
2013
Li D, Lyons JA, Pye VE, Vogeley L, Aragão D, …, Caffrey M
Nature (2013) · PubMed · cité 95 fois
Les structures cristallines de trois formes fonctionnelles de la diacylglycérol kinase, une enzyme membranaire de 121 résidus étudiée depuis un demi-siècle, montrent un trimère aux sites actifs partagés et contredisent l’échange de domaines proposé par un modèle RMN antérieur.
Ma part : cristallographe principal, de la collecte et du traitement des données jusqu’à la résolution de la structure par phasage expérimental, l’affinement et l’analyse du mécanisme.
Dans les médias : GM/CA à l’Advanced Photon Source.
3ZE33ZE43ZE5
2012
Li D, Boland C, Aragão D, Walsh K, Caffrey M
J Vis Exp (2012) · Méthodes / instrumentation · PubMed · cité 44 fois
Un protocole en vidéo pour récolter et cryo-refroidir les petits cristaux fragiles qui poussent dans des mésophases lipidiques collantes, l’un des goulots d’étranglement pratiques de la méthode in meso pour les protéines membranaires.
Lyons JA, Aragão D, Slattery O, Pisliakov AV, Soulimane T, Caffrey M
Nature (2012) · PubMed · cité 126 fois
La structure à 2,36 Å de l’oxydase caa3 de Thermus thermophilus, qui porte son propre domaine cytochrome c, montre comment est construit le complexe de transfert d’électrons entre le cytochrome c et l’oxydase, et a révélé une nouvelle sous-unité membranaire et un lipide natif lié.
Dans les médias : Phys.org et Silicon Republic.
2YEV
2011
Stepanov S, Hilgart M, Yoder DW, Makarov O, Becker M, …, Aragão D, …, Fischetti RF
J Appl Crystallogr (2011) · Méthodes / instrumentation · PubMed · cité 17 fois
De nouveaux outils de fluorescence X sur les lignes GM/CA de l’Advanced Photon Source : des scans en énergie rapides à la volée, un balayage en fluorescence pour trouver des cristaux petits ou invisibles, et une optimisation automatique du signal pour réduire les dommages d’irradiation.
Höfer N, Aragão D, Lyons JA, Caffrey M
Cryst Growth Des (2011) · PubMed · cité 33 fois
Examine comment le choix du lipide hôte dans la mésophase lipidique influe sur la cristallisation et la structure de la gramicidine, un antibiotique qui forme des pores, et si l’environnement membranaire peut favoriser l’une de ses conformations.
2Y5M2Y6N
Pye VE, Aragão D, Lyons JA, Caffrey M
Cryst Growth Des (2011) · Autre · cité 3 fois
Un tour d’horizon de la 13e International Conference on the Crystallization of Biological Macromolecules (ICCBM13), en introduction au numéro spécial qui a rassemblé les travaux présentés à la conférence.
Rosenbaum DM, Zhang C, Lyons JA, Holl R, Aragão D, …, Kobilka BK
Nature (2011) · PubMed · cité 784 fois
Un agoniste conçu pour se lier de façon covalente au récepteur β2-adrénergique a permis de cristalliser un récepteur lié à un agoniste en phase cubique lipidique, et de voir comment les agonistes se lient à ce récepteur couplé aux protéines G et commencent à l’activer.
Dans les médias : FCT NOVA et ITQB NOVA (2012). La conférence Nobel de Brian Kobilka.
3PDS
Höfer N, Aragão D, Caffrey M
Biophys J (meeting abstract) (2011) · Autre · cité 2 fois
Résumé de congrès sur l’utilisation de la phase cubique lipidique pour imiter la membrane cellulaire, issu du travail de cristallisation in meso sur les peptides transmembranaires.
2008
Frazão C, Aragão D, Coelho R, Leal SS, Gomes CM, Teixeira M, Carrondo MA
FEBS Lett (2008) · PubMed · cité 11 fois
Une structure à 2,0 Å de la ferrédoxine native de l’archée Acidianus ambivalens, avec son site à zinc et ses deux clusters fer–soufre ([3Fe-4S] et [4Fe-4S]) intacts, contrairement à la structure antérieure, convertie artificiellement, d’une espèce apparentée.
Ma part : j’ai fait pousser les cristaux à l’ITQB vers 2000, bien avant l’article.
2VKR
Aragão D, Mitchell EP, Frazão CF, Carrondo MA, Lindley PF
Acta Crystallogr D Biol Crystallogr (2008) · PubMed · cité 30 fois
La protéine à cluster hybride de D. vulgaris, purifiée et cristallisée sans oxygène et résolue par MAD au seuil du fer (1,35 Å). Sa ressemblance avec les monoxyde de carbone déshydrogénases aide à comprendre le cluster hybride et prédit une structure dimérique pour les protéines de classe 3.
Cet article a fait la couverture du numéro de juin 2008 d’Acta Crystallographica D.
1W9M
2007
Thèse de doctorat
Structure to function studies in hybrid cluster proteins and glucose-1-phosphate uridylyltransferases
PhD thesis in Biochemistry, Instituto de Tecnologia Química e Biológica (ITQB), Universidade Nova de Lisboa, with the ESRF, Grenoble. Supervisors: Carlos Frazão (ITQB) and Edward Mitchell (ESRF). Final exam 9 October 2007. ISBN 978-989-20-0807-3. Funded by FCT scholarship SFRH/BD/6480/2001
Structures cristallines de deux familles de protéines très différentes. Les protéines à cluster hybride de Desulfovibrio portent un cluster inhabituel fer–soufre–oxygène, et les structures aident à comprendre comment il est construit et ce qu’il pourrait faire. La glucose-1-phosphate uridylyltransférase (UgpG) de Sphingomonas elodea fabrique une brique de sucre pour la gomme gellane. Le travail s’est partagé entre l’ITQB NOVA, à Oeiras, et l’ESRF, à Grenoble. (Liste des thèses de doctorat de l’ITQB, copie archivée)
Thèse (PDF, 7 Mo)
Aragão D, Fialho AM, Marques AR, Mitchell EP, Sá-Correia I, Frazão C
J Bacteriol (2007) · PubMed · cité 33 fois
La structure de l’UgpG de S. elodea, une enzyme clé dans la production de l’épaississant alimentaire gomme gellane, révèle une structure quaternaire jamais vue dans sa famille d’enzymes, alors que chaque sous-unité ressemble beaucoup aux thymidylyltransférases apparentées.
2UX8
2003
Aragão D, Macedo S, Mitchell EP, Romão CV, Liu MY, …, Lindley P
J Biol Inorg Chem (2003) · PubMed · cité 47 fois
Des structures à haute résolution de la protéine à cluster hybride de deux espèces de Desulfovibrio, résolues après réduction (1,25 et 1,55 Å). Le repliement de la protéine ne change pas, mais les atomes de fer et de soufre de l’étrange cluster hybride se déplacent, ce qui donne des pistes sur le fonctionnement de ces protéines.
Une figure de cet article a été choisie pour la couverture 2003 du Journal of Biological Inorganic Chemistry.
1OA01OA1
Aragão D, Frazão C, Sieker L, Sheldrick GM, LeGall J, Carrondo MA
Acta Crystallogr D Biol Crystallogr (2003) · PubMed · cité 25 fois
Le cytochrome c3 dimérique de Desulfovibrio gigas, affiné à 1,2 Å. La comparaison avec tous les domaines de cytochrome c3 connus a révélé des régions conservées malgré des séquences très différentes, et une molécule d’eau enfouie qui transporte probablement les électrons entre deux des hèmes.
1GYO
Macedo S, Aragão D, Mitchell EP, Lindley P
Acta Crystallogr D Biol Crystallogr (2003) · PubMed · cité 13 fois
Connaître les formes entièrement oxydée et entièrement réduite a permis de résoudre une structure à 1,25 Å de la protéine à cluster hybride contenant des molécules dans les deux états, ce qui a éclairé la façon dont les atomes de fer et de persulfure du cluster se déplacent lors de la réduction.
1UPX
1999
Fonseca A, Gouveia C, Fernandes JP, Câmara AS, Pinheiro A, Aragão D, Silva JP, Sousa MI
In: Câmara AS, Raper J (eds), Spatial Multimedia and Virtual Reality, pp. 71–88. Taylor & Francis, London (1999; reissued by CRC Press, 2021) (1999) · Autre
Un chapitre de livre sur le CD-ROM multimédia que le GASA, le groupe de systèmes environnementaux de la FCT NOVA, a réalisé pour l’Expo 98 à Lisbonne, pour explorer des informations environnementales sur le Portugal. Ma part, comme étudiant, a été de saisir une bonne partie des données derrière.
